병원 임상시험 세금 물린다…소급적용은 않기로

기재부 “의료기관·제약사 세부담 증가하는 것 아냐”

정부가 그간 세금을 면제해 오던 병원의 임상실험에 부가가치세를 물린다는 방침을 확정했다. 다만 과세시기는 소급해 적용하지 않기로 했다.

기획재정부는 13일 세제실장, 세제실 국장, 국세청 국장, 조세심판원 심판관, 법제처 법제심의관, 교수·변호사 등 민간위원이 참석하는 국세예규심사위원회를 열고 그간 논란을 빚었던 ‘임상실험 과세 논란’과 관련해 이 같은 결정을 내렸다.

임상시험에 대한 부가세 부과 논란은 국세청이 일부 대학병원의 임상시험 용역에 부가세를 추징하면서 촉발됐다. 앞서 지난 3월 17일 기재부는 의료기관의 임상시험용역이 부가가치세 과세대상에 해당한다는 유권해석을 내린 바 있다. 업계에서는 크게 반발했다.

과세여부뿐 아니라 과세 시기도 논란이 됐다. 국세청의 방침은 지난 2008년~2013년 5년간의 부가세를 소급해 과세하겠다는 것이었다. 이에 병원들로부터 과세자료를 제출받기도 했다. 정부가 예고대로 추징할 경우 상위 4개 병원에서만 1000억원 이상의 부가세를 물게 될 것이라는 전망이 나왔고 업계 안팎의 관심이 쏠리기도 했다.

정부의 결론은 ‘과세한다’는 것으로 정해졌다. 기재부는 임상시험 용역이 ‘환자에 대한 진료·치료용역’이라기 보다 ‘의약품 안정성 검사를 목적으로 제약사에 공급하는 시험용역’에 가깝다고 봤다. 앞의 경우는 면세, 뒤의 경우는 과세에 해당한다. 영국 등 여러 국가에서 병원의 임상실험에 과세하고 있다는 점도 판단의 근거가 됐다.

과세는 하지만 ‘납세자 신뢰보호’ 차원에서 과세시기는 소급하지 않기로 했다. 기재부의 유권해석을 ‘새로운 해석’으로 보고 유권해석일(올해 3월 17일) 이후 첫 임상시험용역계약 체결부터 과세하기로 했다. 그동안 병원 등 의료기관이 임상시험용역을 계속 면세로 신고해 왔고 과세관청에서도 한 번도 과세를 한 적이 없다는 점을 감안했다.

기재부 관계자는 “과세시 의료기관은 제약사로부터 부가세가 포함된 대금을 받아 부가세를 납부하며 제약사도 의료기관에 지급한 부가세를 매입세액을 공제받게 된다”며 “임상시험에 부가세를 불리더라도 의료기관과 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니다”라고 말했다.